Софрониева Пустынь была основана в конце XIX века архимандритом Софронием (Смирновым, 1828–1921 гг.), в бытность его Настоятелем Арзамасской Высокогорской Пустыни. Это он построил небольшой домик в одной из лесных дач, принадлежавших монастырю. Здесь ему суждено было провести последние годы жизни вместе с небольшой общинкой. Здесь он почил и был похоронен. Собственно, такой обители Софрониева Пустынь официально никогда не существовало. Это народное название.
В архивных данных Высокогорской Пустыни за 1891 год говорится, что у обители имелись две лесных «дачи» – Абрамовская – в шести верстах от Пустыни и Никольская – в 35-ти верстах. В других документах они фигурируют под названием «ближний» и «дальний» лес. Говорится также, что возить лес из «дальнего» леса обходилось в 6 раз дороже, чем из «ближнего». Непросто было, по-видимому, добираться до «дальнего» леса. Тем не менее, по данным Нижегородского архива, в 1898 году здесь строят деревянный сруб – дом, а также хозяйственные постройки, объясняя как причину строительства тот факт, что Настоятель уже «в преклонных летах и собирается на покой». Душа о. Софрония давно жаждала лесного уединения – слишком, видимо, донимали посетители Старца на Высокой Горе.
Но лишь 10 лет спустя после строительства лесного домика отцу Софронию посчастливилось поселиться в нем. Указом Духовной Консистории от 16 ноября 1907 года архим. Софроний увольняется на покой от должности Настоятеля Высокогорской Пустыни, и с начала 1908 года он поселяется в лесной глуши. Но и сюда к Прозорливцу и Чудотворцу стекаются из сел и городов жаждущие духовного и телесного исцеления. Есть сведения, что возле лесного домика стояли скамейки, на которых дожидались в очереди «по три дня».
Рядом со старцем поселяются также его четыре послушника, а немного поодаль строится корпус с домовым храмом, где жили двенадцать «девушек», как называл их Старец, в основном дочери его духовных чад, впоследствии принявшие иночество.
26 июля 1908 года состоялось освящение храма Пустыни в честь Господа нашего Иисуса Христа, во ад сошедшаго и Собою вся воскресившего.
13 лет прожил отец Софроний в лесу, и в 1921 году 1 августа (нового стиля) мирно почил в день прославления предсказавшего эту кончину через одну из послушниц преподобного Серафима Саровского.
В селе Селема сохранилась «Летопись», написанная одной из сестер, в которой записаны события сентября-декабря 1921 года: посещение Софрониевой Пустыни преосв. Михаилом, епископом Нижегородским и Арзамасским, который официально организовал уже после кончины Старца «Иверско-Софрониеву общину» (в честь Святителя Софрония, Патриарха Иерусалимского). Возможно, он же совершал и иноческий постриг сестер.
«Иверско-Софрониева община» просуществовала до 1929 года, когда приказом «органов» от 2 февраля корпус с храмом был раскатан по бревнам и увезен под школу в дер. Сады. Но, возможно, еще задолго до этого сестрам пришлось покинуть свое лесное убежище: в Пустынь стали наведываться мародеры.